O kernel só começa a matar tarefas quando a memória se esgota até o ponto em que uma falha no sistema é iminente. Não minta. Há algo acontecendo que está consumindo toda a sua memória RAM disponível e swap. O fato de PHP e MySQL estarem envolvidos é altamente suspeito, já que o consumo de recursos para ambos os aplicativos pode ser bastante dinâmico. O kernel matou o mysql que ele determinou ser o maior consumidor de memória atualmente em uso. Se eu tivesse que apostar um palpite, suspeitaria que alguém estava executando uma consulta grande contra seu aplicativo PHP.
Você pode manter um log de conexões com seu servidor da Web usando iptables , o que pode ajudar a determinar quem está se conectando ao seu servidor durante toda a noite e com que frequência. Pode aparecer endereços IP suspeitos martelando na camada 7 a noite toda e gerando um jillion de processos mysql / apache. Esse tipo de registro pode ser intenso em disco, portanto não o deixe ligado indefinidamente. Você pode precisar ajustar a localização da regra em sua cadeia de entrada, é claro, dependendo da sua configuração.
iptables -A INPUT -p tcp -m state --state NEW -m multiport --dports 80,443 -j LOG --log-prefix "WEB_CLIENT: "
For more modern systems (>1GB), your swap space should be at a minimum be equal to your physical memory (RAM) size "if you use hibernation", otherwise you need a minimum of round(sqrt(RAM)) and a maximum of twice the amount of RAM. The only downside to having more swap space than you will actually use, is the disk space you will be reserving for it.
Vale a pena tentar. Se mudar alguma coisa, talvez seja necessário adicionar mais RAM física.