Você está certo, o ambiente flexível do Google App Engine está atualmente em versão beta, conforme indicado na página oficial e sua implementação pode mudar, possivelmente de maneiras incompatíveis com versões anteriores.
Agora, para usar domínios personalizados com uma instância do GAE de ambiente flexível, primeiro você precisa colocar na lista de permissões antes de adicioná-los à sua inscrição, conforme mencionado neste documento Antes de começar seção . Listado no terceiro ponto, é possível colocar na lista de permissões os domínios preenchendo o formulário formulário do contato do Google.
Observe que, antes de usar qualquer domínio personalizado, todo o tráfego da instância do GAE é veiculado no domínio appspot-preview.com , conforme descrito na Atualização do domínio seção . Portanto, é possível que você tenha inicialmente a possibilidade de mapear yourdomain.com para YourProjectID.appspot-preview.com e, portanto, ter seu ProjectID igual ao yourdomain explicaria o comportamento observado.