Geralmente, edito o arquivo /etc/init.d/ondemand e altero echo -n ondemand > $CPUFREQ para echo -n performance > $CPUFREQ .
O sistema usa performance durante a inicialização e, em seguida, esse script define ondemand após a inicialização.
Editar: Você também pode desativar este script: sudo update-rc.d -f ondemand remove