Você está correto e não há solução alternativa. Aqui estão os limites do serviço de aplicativos:
Não sei qual é o seu caso de uso, mas lembre-se de que nada impede que você crie vários aplicativos no mesmo back-end que chamamos de plano de serviços, se o custo for sua preocupação. Você pode até mesmo clonar um aplicativo para criar outro aplicativo com o mesmo código fonte e configurações, mas, basicamente, você o configuraria com domínios distintos e cada um limitado a 5 SNI SSL.
Em relação ao IIS, não há palavra oficial, mas provavelmente não há um limite.