É possível fazer isso na configuração do xorg:
Section "InputClass"
Identifier "Keyboard Catch All"
MatchUSBID "058f:9410"
Option "XkbOptions" "caps:super,terminate:ctrl_alt_bksp"
EndSection
Section "InputClass"
Identifier "Apple Keyboards"
MatchUSBID "05ac:0236"
Option "XkbOptions" "altwin:swap_lalt_lwin,caps:super"
EndSection
No entanto, o GDM tem sua própria maneira de gerenciar as configurações do teclado que sobrescreverão essas configurações do xorg. Eu não encontrei uma solução que funcione bem com o GDM.