Eu encontrei o bug que causa meu problema link Ohh e pela forma como não está relacionado com o Qt e atualizando o xserver-xorg-input-evdev do ppa xorg-edgers corrigiu meu problema.
Hoje atualizei para o Maverick e tentei assistir a um filme com o smplayer. Depois de um tempo eu parei o filme e notei que não podia mais usar meu mouse. Não clique com o botão esquerdo, apenas os cliques do meio e da direita funcionaram e não consegui captar o foco de nenhuma janela. Isso aconteceu com o VLC também, mas não acontece com o mplayer. Eu só posso consertá-lo com logout / login. Alguém já enfrentou esse problema também?