O motivo mais comum para um problema genérico como este não é ativar o mod_rewrite com RewriteEngine on no contexto em que você RewriteRule foi colocado.
No entanto, mesmo se for esse o caso, sugiro usar <Limit> ou <LimitExcept> blocks, ou melhor ainda, não carregar mod_proxy_connect para que o método CONNECT não tenha como ser usado. Se você é tratado por seu aplicativo, claro, isso também precisaria ser desabilitado.
Informações adicionais após comentários:
Não modifique o bloco <Directory /> que vem com sua configuração, ele deve ser deixado como está.
Além disso, não coloque (como eu disse em meus comentários) o bloco <Limit> dentro de outro bloco (no seu caso um bloco <Directory> . As diretivas de configuração em um bloco <Directory> só terão efeito se a requisição for mapeada para o sistema de arquivos, mas você está intermediando / para outro serviço em exemplo.com , o que significa que as solicitações não são mapeadas para o sistema de arquivos e, portanto, <Limit> bloco nunca terá efeito.