Quando você cria uma AMI de uma instância do EC2 em execução, seja do AWS Management Console, do AWS CLI ou de outro SDK, o sysprep não é executado.
Se quiser executar o sysprep, você deve entrar para executá-lo. Você pode ser capaz de executá-lo através do recurso de comando de execução do EC2, mas não tenho evidências. Você precisaria ser capaz de executá-lo sem a interface do usuário.