O problema é o modo como a Ethernet negocia velocidade e duplex.
Quando os dois lados estão configurados para Auto, a velocidade e o duplex serão negociados na melhor velocidade e no modo duplex possíveis, proporcionando a melhor taxa de transferência.
Quando você define especificamente a velocidade de um lado, a negociação não acontece. Se o outro lado estiver definido como Auto, ele poderá detectar, e não negociar, a velocidade do link. O problema acontece com o duplex. Como a negociação está desabilitada, o lado definido como Auto apenas usa o duplex padrão para a velocidade específica detectada. Isso é Half Duplex para 10 e 100 Mbps e Full Duplex para 1000 Mbps.
Isso significa que seu host está configurado para 100 Mbps, Full Duplex, mas a porta do switch, definida como Auto, se configurará para usar 100 Mbps, Half Duplex. Duplex incompatível fará com que você não tenha problemas. Se você puder ver os erros na porta do switch, verá vários erros diferentes, incluindo colisões e runts. Seu rendimento sofrerá muito.
Para a melhor velocidade e duplex possíveis, você deve definir ambos os lados como Auto, ou ambos os lados para a mesma velocidade e duplex, e qualquer pessoa que disser diferente não entenderá como isso funciona.