Eu tive exatamente a mesma situação. htop e top informaram cerca de 95% de uso (excluindo buffers / caches), assim como free -m . Ao somar os processos de ps , eu estava usando apenas 10% da memória. Eu achei esses sites inestimáveis:
No meu caso, foi o cache dentary / inode que estava preenchendo a memória. Eu não sei porque free não conta como buffers / cache. Você pode liberar essa informação com o seguinte comando, o que não prejudica o sistema:
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
Informações sobre isso estão detalhadas aqui: link