Meu conselho strong para você é usar sua propriedade VMware como o fornecedor pretendeu e encapsular suas máquinas virtuais em arquivos VMDK. Isto é para suporte, portabilidade, consistência, confiabilidade e desempenho.
If I rip the disk out of the ESXI box or nuke ESXI, I want to be able to put the disks in another Linux box and have the filesystems readable.
Isso está faltando o ponto de virtualização usando o VMware. Se você planeja usar VMs VMware, não há noção de "atrapalhar-se" porque há um ecossistema saudável de suporte e produtos que "falam" sobre o VMware.
Você pode considerar a apresentação de armazenamento em block para suas VMs via iSCSI ou com arquivos que não são do sistema operacional fornecidos pelo NFS. Mas com base no que você está descrevendo, ESXi e VMware podem não ser o ideal para você ... Talvez tente Linux Containers (LXC) ?