Parece que o sistema está funcionando como projetado. O protocolo rsync envia apenas alterações aos arquivos existentes para o arquivo remoto. Isso é feito determinando se os registros de data e hora do arquivo local e remoto são diferentes. Se estão, então, lê as somas de verificação de computação de arquivos locais para blocos (assim como o controle remoto) e os blocos alterados são enviados para o controle remoto.
Isso sempre requer uma verificação completa do arquivo, pois não acredito que você possa excluir seções dele.
Se a E / S for realmente um problema para você, eu consideraria a possibilidade de fazer o log-log dos logs com mais frequência. Isso significará que, uma vez girado e fechado, o arquivo só será considerado para o rsync uma vez. O arquivo de log Ativo também será muito menor, portanto haverá menos I / O necessário para descobrir onde estão as alterações.