Você pode fazer isso. Consegui colocar meu Amazon Workspace na mesma VPC e sub-rede da minha instância do EC2. Fiz isso criando um diretório da AWS e atribuindo o diretório à mesma VPC e sub-rede que as instâncias do EC2 existentes. Ao criar o espaço de trabalho da AWS, certifiquei-me de atribuir o espaço de trabalho a esse diretório pré-configurado.
Você também pode estabelecer perfis de segurança separados para a instância do AWS, permitindo conexões RDP (útil se você estiver usando o Ubuntu como sua máquina cliente). Consulte o link para obter mais informações