O problema foi um problema combinado:
- o SSD RAID5 entregou velocidades de 12,5mb / s em um dd, muito abaixo do que se esperaria (atualmente: 300-600 mb / s)
- o firewall também foi um pouco rigoroso, já que as conexões foram bloqueadas para 100 / min com uma explosão de 200 / min. (iptables)
O VPS foi movido para um IO melhor, e o firewall não foi definido como estritamente e o problema foi resolvido. Eu também desabilitei o memcached já que o MySQL claramente não era o ponto de estrangulamento)