Eu sei que é tarde demais, mas pensei em atualizar para ajudar alguém
Para remover a federação, aplique o comando abaixo.
a. Se o domínio estiver federado com o ADFS:
Set-MsolADFSContext -Computer your_ADFS_server_computer_name
Convert-MsolDomainToStandard -DomainName yourdomain.com -SkipUserConversion:$true -PasswordFile C:\userpasswords.txt
Set-MsolDomainAuthentication -Authentication Managed -DomainName yourdomain.com
b.Se o domínio estiver federado com outro IdP:
Set-MsolDomainAuthentication -Authentication Managed -DomainName xxx.com (your domain)
Referência adicional