A resposta é simples: economizar espaço e memória. Se você mantivesse tudo, ficaria sem espaço em algum momento. Cada índice também requer uma certa quantidade de memória, portanto, ter mais índices abertos fará com que o cluster fique sem memória RAM eventualmente. Esta função é apenas uma maneira simples de configurar quanto espaço você deseja que o graylog receba. Se você quiser manter mais índices, simplesmente aumente o número de índices máximos.
Os índices são numerados sequencialmente, e você pode restaurar um índice mais antigo e acessá-lo se realmente precisar.