Tente acessar o Developers Console e, em seguida, "Gerenciar todos os projetos" (em "Selecionar um projeto" ou o nome do projeto atual no canto superior direito) e verifique se o projeto está realmente ativo e não em outro estado. Se estiver faltando apenas a seção do App Engine, mas tudo o mais estiver bem, provavelmente será necessário excluir o projeto e criar um novo.