Bem, implantar um script ou aplicativo é o mesmo no SCCM. Supondo que o SCCM já esteja configurado, você precisa configurar seus arquivos de aplicativos e pacotes de implantação. Os magos do SCCM são bem diretos em conduzir você através do processo.
No entanto, você tem vários scripts que deseja implantar e executar em ordem. Você pode tentar envolvê-los em um único pacote ou precisará configurar uma sequência de tarefas para executá-los. Eu não sou um cara strong do SCCM ou eu te daria o Step by Step.
Você pode considerar o guia da Microsoft sobre como implantar o O365 Office Pro Plus com SCCM aqui: link
Você pode primeiro executar o seu script de desinstalação e, em seguida, enviar a instalação do ProPlus através do guia acima.