Sim, você provavelmente está definindo a lista de acesso em todo o quagga, e você deve definir a lista de acesso do bgpd. Eles são semelhantes, mas diferentes. Se eu estiver certo, basta mover sua ACL do zebra.conf para o bgpd.conf.
P.S. Quagga é um pedaço de abandonware, você deveria considerar mudar para o pássaro.