A solução é simples. Você pode criar uma pasta de backup /var/opt/gitlab/backups
e definir o proprietário e o grupo corretos para ela.
sudo mkdir /var/opt/gitlab/backups
sudo chown git:root /var/opt/gitlab/backups
Depois disso, execute a atualização.
sudo yum install gitlab-ce
instalar não atualizar, consulte o doc