A mensagem de erro "Pacote percona-server-server-5.6 ainda não está configurada." significa que os pacotes não estão instalados. Os pacotes Percona precisam ser instalados na ordem correta:
começando com as bibliotecas comuns primeiro, depois cliente, depois servidor-servidor.
Quando você usa o dpkg para instalar, você verá qualquer erro reportado pelo dpkg que tenha que ser resolvido primeiro. Às vezes, basta executar o apt-get -f install para corrigir o problema instalando os pacotes necessários.
Para o Ubuntu 14.04:
dpkg-i percona-server-common-5.6_5.6.26-74.0-1.trusty_amd64.deb percona-server-client_5.6.26-74.0-1.trusty_amd64.deb percona-server-server-5.6_5.6.26-74.0-1.trusty_amd64.deb
Uma vez que você não tem erros do dpkg, você deve estar pronto.