Você pode usar scriptlets de acionamento para isso.
Por exemplo, digamos que o arquivo /etc/contested seja de propriedade de um rpm denominado generally e você tenha outro pacote ( specifically ) que deseja forçar a sobregravação do mesmo arquivo.
Em specifically.spec , você instala a nova versão do arquivo em %{_datadir}/%{name}/etc.contested e usa este scriptlet de gatilho para instalá-lo em /etc :
%triggerin -- generally
install -m 0644 %{_datadir}/%{name}/etc.contested %{_sysconfdir}/contested
O scriptlet será executado sempre que generally for instalado ou atualizado, bem como sempre que specifically for instalado ou atualizado.
O RPM ainda perceberá que o arquivo não está como deveria, mas não impedirá que você instale ou desinstale.