No final, acabamos entrando em contato com a Microsoft. Eles tentaram algumas coisas diferentes, mas o que acabou funcionando foi:
No servidor ativo com os índices íntegros, interrompa os serviços de Pesquisa do Microsoft Exchange e do Host de Pesquisa do Microsoft Exchange
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Vá para a pasta em que os bancos de dados de caixa de correio estão armazenados e copie a pasta do índice de conteúdo. Esta pasta parece um guia, na minha caso um deles foi nomeado "32CBE741-FBB2-4116-9E85-12D59725D6E912.43.Single".
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Inicie o backup dos serviços no servidor ativo.
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Transportar as pastas para o site com falha.
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Pare os mesmos serviços no servidor com o conteúdo com falha índices.
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Copie a pasta de índice de conteúdo do servidor íntegro para o pasta apropriada no servidor não-saudável. Você deve agora ter duas pastas de índice de conteúdo, uma que já estava lá e foi provavelmente "semeando" e aquele que você copiou do site saudável.
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Com os serviços de pesquisa ainda parados (com cuidado, eles podem reiniciar próprias) renomear a pasta de índice de conteúdo "ruim" para adicionar algo como .old no final. Em seguida, renomeie a pasta "boa" do índice de conteúdo para combinar com o nome do "mau".
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Inicie o backup dos serviços de pesquisa.
No nosso caso, em cerca de 10 minutos, os índices de conteúdo passaram de Desconhecido para Saudável. Espero que isso ajude alguém