Correção rápida
Como seus outros arquivos estão bem, selecione um específico para este comando:
chcon --reference /etc/pki/CA/certs/validcontextcert.pem /etc/pki/CA/certs/cacert.pem
Correção de longo prazo
Você pode criar um contexto no SELinux para o seu arquivo, para que ele seja persistente nas restaurações de contexto.
semanage fcontext -a -u system_u -r object_r -t cert_t '/etc/pki/CA/certs/cacert.pem'
Isso criará uma nova definição de contexto que ainda não foi aplicada, portanto, aplique-a.
restorecon -RvF /etc/pki