A solução foi fazer um clone de disco para disco com o modo Avançado em vez de partição por partição. No modo avançado, use as opções -icds
("Ignorar o tamanho do disco de destino antes de criar a tabela de partições".
Outra coisa que deve ser lembrada é certificar-se de que o Clonezilla está sendo executado ao vivo a partir do pendrive ou DVD, em vez de ser executado a partir da RAM. Se você tem um disco Clonezilla dedicado, esta é a opção padrão (e eu acho só), mas se você estiver executando o Clonezilla de outra distribuição como o Parted Magic, onde o padrão é escrever tudo na RAM e rodar a partir daí, o Clonezilla pode falhar como isso porque basicamente você fica sem memória RAM e simplesmente pára de copiar.