Eu sugiro usar o mod_info para ver a configuração completa do Apache em uma página. Em seguida, role para baixo na página de informações do servidor e você começará a ver as diretivas agrupadas pelo nome do módulo. Se um módulo não tiver nada em sua seção "Configuração atual", tenho certeza que isso significa que você não está usando.
Observe, no entanto, que existe a possibilidade de um arquivo .htaccess em algum diretório do site usando um módulo sem que ele esteja listado aqui, portanto, procure também nesses arquivos.