Os sites influenciam com qual controlador de domínio um computador / usuário é autenticado e com qual controlador de domínio outros controladores de domínio se replicam e com que frequência a replicação ocorre. Os sites geralmente seguem algum aspecto físico de sua infraestrutura (embora não necessariamente).
Os sites não ajudam a particionar um diretório em um ambiente de vários locatários. Isso pode precisar ser feito com UOs, permissões e algumas outras configurações relacionadas cuidadosamente planejadas . (Assumindo que o que você está fazendo é viável em uma floresta multi-inquilino / único).