Ok, eu mesmo encontrei:
Não é suficiente inserir o caminho para executável nesta caixa de várias linhas. Esta caixa edita o arquivo em lote diretamente, que será executado, então os parâmetros% 1,% 2 devem ser adicionados aqui.
Adicionando% * ajudou. Caso os espaços sejam usados no caminho, isso é bom para mim:
"c:\...mypath...\myFile.bat" "%1" %2