Então, aparentemente, o problema foi causado por (e isso é relatado pelo meu host) algum "código" em alguns plugins que não são compatíveis com o cache do APP + php ...
Não sei se isso é realmente verdade, mas quando mudamos o manipulador de volta para o suPHP, o problema foi resolvido!
Portanto, para pessoas (futuras) no wordpress + VPS, tenha isso em mente. Se você for instalar algum tipo de cache opcode, tenha cuidado, e não faça isso em uma máquina de produção ...