Não, o rsync não verifica o tempo de acesso (atime) de um arquivo. Em vez disso, use os horários modificados e alterados (ctime / mtime) para verificar se um arquivo foi alterado.
O que você deve prestar atenção, no entanto, é que o rsync está preservando o mtime (opção -t) no primeiro lugar. Caso contrário, qualquer outra tentativa sincronizará novamente os mesmos arquivos.
rsync -a inclui opções '-rlptgoD', portanto, se você usar '-a', será suficiente.