Isso acontece conosco às vezes também, e eu sempre assumi que é contenção de disco. Geralmente, nosso e-mail fica indisponível por apenas alguns minutos, no máximo. Sem saber mais sobre o seu ambiente, é difícil dizer, mas talvez seus discos sejam mais lentos que os nossos. Além disso, estou executando principalmente incrementais e não sei se isso faz diferença.
Eu examinaria primeiro a integridade do disco, para descartar isso e talvez o Windows Serviço de Cache Dinâmico .