Infelizmente, a chamada do sistema swapoff no Linux não suporta a desativação de um arquivo de troca excluído.
Seria possível adicionar esse recurso ao kernel, mas a partir de uma olhada no versão mais recente do código-fonte, parece que ninguém implementou esse recurso ainda.
É claro que se tal recurso fosse adicionado ao kernel, você ainda teria que reinicializar para atualizar para um kernel com o suporte. Isso poderia ser evitado, se o suporte para desabilitar um arquivo de troca excluído pudesse ser adicionado como um módulo do kernel. No entanto, a lista de símbolos exportados não inclui a lista de arquivos de troca ativos, portanto, as estruturas de dados relevantes não são acessíveis a um módulo do kernel, portanto, essa abordagem também não funcionará.
Com base nisso, tenho certeza de que, a menos que você ainda tenha um link para o arquivo de troca em algum lugar no sistema de arquivos ou seja mantido aberto por algum processo, você terá que deixar esse arquivo de troca ativado até da próxima vez que você reiniciar. Observe também que você não poderá desmontar o sistema de arquivos ou remontá-lo somente para leitura. Isso poderia entrar no caminho de um desligamento limpo.
Se você for reinicializar a máquina remotamente, isso significa que você terá que se perguntar se a tentativa de um desligamento limpo é desejável. Há um risco de que uma tentativa de desligamento limpo possa ficar paralisada, o que poderia deixar a máquina em um estado em que a rede é desativada, portanto, você não pode efetuar login e o desligamento não está progredindo, por isso não ocorrerá sozinho qualquer um.
Se você não tiver um plano para o que fará se um desligamento limpo ficar parado, talvez seja melhor reiniciar a máquina sem tentar um desligamento normal.