Parece que se eu colocar a última regra como a primeira, tudo funciona corretamente. Então a solução é usar as seguintes regras do iptables:
iptables -t nat -N REDSOCKS
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth0 -p tcp -j REDSOCKS
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 0.0.0.0/8 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 10.0.0.0/8 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 127.0.0.0/8 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 169.254.0.0/16 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 172.16.0.0/12 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 192.168.0.0/16 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 224.0.0.0/4 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -d 240.0.0.0/4 -j RETURN
iptables -t nat -A REDSOCKS -p tcp -j REDIRECT --to-port 2001