Apenas desabilite o aviso do PHP no php.ini / fpm conf
error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE
Não causará problemas.
Eu tenho nginx e php-fpm em execução e notei que meu /var/log/php5-fpm.log está preenchendo esta mensagem uma vez por segundo:
NOTICE: configuration file /etc/php5/fpm/php-fpm.conf test is successful
Alguma ideia do porquê? Isso é um problema?