Não, eles provavelmente não são compatíveis, pois novos recursos foram adicionados ao mecanismo fail2ban , que eu acho que foram usados pelos scripts de filtro distribuídos.
Não é normalmente um problema se os scripts forem mais antigos, desde que funcionem para a sua configuração. Se isso não for suficiente, você precisará criar sua própria versão ou tentar usar os pacotes jessie ou mesmo sid (que eu não gostaria de fazer).