Você pode fazer o seguinte
PASSO # 01: mysqldump todos os dados, exceto o esquema mysql
PASSO # 02: Backup das concessões mysql
MYSQL_USER=root
MYSQL_PASS=rootpassword
MYSQL_CONN="-u${MYSQL_USER} -p${MYSQL_PASS}"
SQL="SELECT CONCAT('SHOW GRANTS FOR ',QUOTE(user),'@',QUOTE(host),';')"
SQL="${SQL} FROM mysql.user WHERE user<>''"
mysql ${MYSQL_CONN} -ANe"${SQL}" | mysql ${MYSQL_CONN} -N | sed 's/$/;/g' > Grants.sql