(suponho que você tenha o pacote de colaboração, edição de código aberto)
Zimbra é lançado para versões específicas de, no seu caso, Ubuntu. Depois de atualizar seu Ubuntu, você precisa atualizar o Zimbra. Se você teve o Zimbra para o Ubuntu 12, você precisa usar o instalador para instalar o Ubuntu 14.
Você precisa descobrir qual versão do Zimbra você tem, porque como você pode ver na página de download, o Zimbra 8.0.x é apenas para o Ubuntu 10 e 12 e o Zimbra 8.5 é para o 12 e o 14. Agora você precisa atualize para 8.5. Veja na documentação se um caminho de atualização da versão qualquer diretamente para o 8.5 é suportado.
BTW, o instalador pode pedir para verificar algo (não lembro o que, armazenamento de mensagens ou algo assim). Quando você acabou de atualizar o Ubuntu e agora está instalando um novo Zimbra para essa versão do Ubuntu, esse recurso não funciona (porque depende da versão antiga do Ubuntu.
Ah, e faça backups primeiro ...