Eu não recomendaria tentar aparar manualmente o banco de dados, basta seguir as instruções bem divulgadas para recriar um novo banco de dados de monitoramento do SBS em branco: link
EDIT para adicionar informações: O banco de dados de monitoramento no SBS é apenas o armazenamento de dados para a funcionalidade de exibição do console, que mostra várias informações sobre o estado dos clientes do SBS (atualizações, AV, nível de SO etc.). Como tal, não é importante a menos que você (ou mais frequentemente o seu cliente) considere o console do SBS particularmente enamorante e útil. Recriando-a, aparando manualmente, embrulhando-a em um saco e atirando-a de um penhasco, nenhuma dessas coisas vai estragar muito o seu dia. Na pior das hipóteses, o console deixará de exibir as informações do cliente.
Especificamente abordando armadilhas ou efeitos colaterais, não conheço nenhum para o método de recuo, e fiz isso muitas vezes. Sinta-se à vontade para tentar se aparar, se preferir.
Since all the information collected is dynamic, by creating a new database you would lose only any custom reports you may have created in the SBS Console, report customizations, and all the archived reports. Furthermore, upon recreating the database, it will need some time to contact all clients and report on their status, this time may vary, since clients may be offline, it is recommended to wait 48hrs before trying to validate the data.