Verifique se seus arquivos compilados não estão vazios. Eu tive o mesmo erro depois de seguir as instruções daqui:
... e descobri que os arquivos iv6 possuíam dados, mas os arquivos .iv4 estavam todos vazios, acho que estava faltando o pacote "unzip" na primeira execução.
Verificado para confirmar que havia dados nos arquivos .CSV, execute este comando para reconstruir:
./xt_geoip_build -D /usr/share/xt_geoip *.csv
... e foi capaz de usar códigos de país com o iptables imediatamente.