A primeira coisa que você deve verificar é se o log binário ainda está ativado
mysql> SHOW BINARY LOGS;
mysql> SHOW MASTER STATUS;
Estes dois comandos lhe darão a lista de logs binários que ele vê e, em seguida, o log binário atual;
Não posso dizer como excluir os logs pelo uso do banco de dados, mas posso lhe dizer três outras maneiras:
1) APAGAR TODOS OS LOGS
O comando para mangueira todo log binário é
mysql> RESET MASTER;
Isso é tudo.
2) DELETE LOGS POR NOME DE BINLOG
Se você vir 118 logs binários, poderá selecionar qual log excluir até. Por exemplo, se os logs binários tiverem o formato mysql-bin.000118
, você poderá excluir até o 100º log usando
mysql> PURGE BINARY LOGS TO 'mysql-bin.000100'';
3) DELETE LOGS POR DATA E HORA
Suponha que você queira excluir todos os registros, mas mantenha tudo desde a meia-noite de 5 dias atrás. Execute isto:
PURGE BINARY LOGS BEFORE DATE(NOW()) + INTERVAL 0 SECOND - INTERVAL 5 DAY;
ou
PURGE BINARY LOGS BEFORE '2014-07-11 00:00:00';
Isso permitirá ao mysqld descobrir quais logs binários serão deletados.