Sim, você pode usar mais de um map
e essa parece ser a maneira mais clara de resolver isso.
map $http_host $magecode {
www.store.com retail_store;
wholesale.store.com wholesale_store;
beta.store.com retail_beta_view;
}
map $http_host $magetype {
www.store.com website;
wholesale.store.com website;
beta.store.com store;
}