existem várias abordagens que você pode seguir.
um é ter domínios semi-personalizados e um certificado curinga. ou seja permitir coolstuff.myshop.com, othercoolstuff.myshop.com etc e ter um certificado curinga para * .myshop.com que irá corresponder a todos estes. eles não recebem um domínio totalmente personalizado, mas talvez um domínio exclusivo para mantê-los felizes.
você pode ter um único certificado com várias SANs (nomes alternativos de assunto). Este é um certificado com vários nomes, por isso pode ser store.theirdomain.com e myshop.com e somethingelse.com. cada SAN normalmente custa tanto quanto um certificado, portanto, o custo de um certificado de 3 SANs é o mesmo que comprar 3 certs. Dependendo de quantos clientes você tem que desejam domínios personalizados, isso pode ou não ser uma solução viável para você.
Se nenhuma das abordagens acima funcionar, você está com um certificado por domínio personalizado. você terá que escrever algum código personalizado para permitir que eles sejam enviados e corretamente associados aos seus sites. não vale a pena, a menos que você tenha um grande número de clientes.