A Dovecot tem um índice dentro da maildir onde todas as mensagens, entregues via imap, são indexadas. Mensagens movidas manualmente não são incluídas no índice e, portanto, estão fora de ordem.
Tudo o que você precisa fazer é reindexar maildir manualmente com doveadm
utility:
doveadm index -u username Inbox
Outras leituras podem ser encontradas aqui: link