Os repositórios sempre contêm as versões mais recentes por motivos de segurança. Essa é a resposta curta, na verdade. Há exceções para todas as regras, já que pode haver várias versões "estáveis" de um determinado software, mas normalmente há apenas uma porque seria complicado demais gerenciar várias versões.
Além disso, o PHP 5.5 é a versão que você deve estar em execução, e o 5.4 somente se você tiver alguns aplicativos que o exijam. 5.3 não deve ser usado porque não viu uma atualização em cerca de 6 meses e está em fim de vida.