Os blocos vazios não são contados com a opção -s. Você pode testar com ls -lh
para ver o tamanho completo. E, por padrão, há muitos blocos vazios em um disco rígido
Você pode reiniciar sua VM sem risco (exceto modificar o disco manualmente)
Na sua VM, pergunte o uso do disco: você deve ver o 456M usado