Ok. Então o cabeçalho está sendo definido pelo Drupal no código. Eu tive que adicionar a condição "sempre" à diretiva Apache para obter a configuração do servidor para substituir o cabeçalho.
Veja a discussão sobre a "tabela interna de cabeçalhos de resposta" nos documentos do Apache aqui
Para fazê-lo funcionar, você precisa do seguinte no seu contexto de configuração do servidor nos arquivos de configuração do Apache:
Header always unset X-Generator
Parece que este era o padrão em algumas versões do apache e, portanto, pode ser a razão pela qual muitos resultados do Google não mencionam isso.