Você está claramente executando duas versões do mysqlserver. Eu aposto que você tem um com a rede desativada, e é com isso que o phpMyadmin está chegando. Localhost via socket unix não é o mesmo que localhost via 127.0.0.1. Você geralmente precisa levar isso em consideração também com suas doações.
Mas, para ficar bem claro, eu não tenho ideia de por que você quer duas versões do mysql rodando na sua caixa se você não parece estar ciente disso. Eu mataria um.