Sim, atualize seu sistema operacional 2003 para algo criado nos últimos 10 anos. O 2008R2 e superior vêm com uma versão multi-thread do robocopy, que melhora o tempo de transferência de trabalhos que consistem em milhares de pequenos arquivos por ordem de magnitude.
Ou, se você não fizer isso, use outro programa de cópia de arquivos, como o RichCopy, ou algo que promova recursos multithread.
Além disso, verifique se você está em uma rede gigabit e não em 100Mbps.