Acontece que esse problema está relacionado à verificação de vírus na máquina. O Tomcat é limitado a um único núcleo ao descompactar o arquivo .war, mas a depuração estava fazendo esse processo demorar muito. Após uma análise mais profunda da implantação completa de 45 minutos, vi que o processador chegou a porcentagens mais altas depois que o aplicativo foi totalmente descompactado e foi realmente iniciado. O administrador do servidor definiu o diretório do Tomcat como uma exclusão. Isso é bom para meu aplicativo porque não temos conteúdo carregado por usuário no diretório do Tomcat. Embora possa haver outras implicações de segurança dependendo de quem está fornecendo o arquivo war, portanto, se você estiver enfrentando esse problema e quiser excluir o diretório do Tomcat, certifique-se de avaliar as implicações de segurança.