Você pode usar o Kerberos aqui. Ele fornece um gerenciamento de chaves centralizado, mas requer a instalação de chaves nos clientes finais, assim como quase tudo que está disponível.
Você também pode executar sua própria CA e usar TLS / SSL para tudo e verificar os certificados do servidor e do cliente.
Ou você pode usar o ssh e encontrar os problemas comuns de gerenciamento de chaves que você pode esperar.